1554 Pedro de Valdivia, 17 de marzo. El Cabildo de Santiago, por encargo póstumo le dona a la orden franciscana la Ermita del Soccorro, ubicada en el mismo emplazamiento que la actual iglesia de San Francisco.

1572, 5 de junio. Colocación de la primera piedra de la iglesia actual.

1595, 23 de septiembre. Se coloca la imagen de la Virgen del Socorro en la iglesia, construidos dos tercios de la nave y parte del crucero.

Siglo XVII

1618. Se concluye la iglesia, con planta de cruz latina y muros de piedra. Tiene una torre, techo artesonado, sacristía y coro con sillería.

1628. Se concluye el claustro contiguo a la iglesia, con arquería de ladrillo.

1647, 13 de mayo. Un terremoto derriba la torre y el segundo piso del claustro.

1684. Se termina en Perú, en el taller de Basilio de Santa Cruz, la serie de cuadros de la Vida de San Francisco para adorar el claustro franciscano de Santiago de Chile. En la iglesia se construyen capillas laterales a ambos lados de la nave.

1698. Se reconstruye la torre y el segundo piso del claustro.

Siglo XVIII

1730, 7 de julio. Un terremoto daña la torre.

1751. Se demuele la torre y se construye por tercera vez.

1758. Se concluye con piedra sillar la portada principal de la iglesia. El convento cuenta ya con cuatro claustros y un refectorio.

Siglo XIX

1828. Se pavimenta con ladrillo el piso de la iglesia y se pone mampara a la puerta lateral de San Antonio. Se realiza la cajonería de caoba de la sacristía.

1854. Se demuele la tercera torre.

1857. Fermín Vivaceta termina la cuarta y actual torre, con reloj de cuatro esferas. Se instala el órgano.

1865. Se completa la nave lateral sur y se transforma la fachada de la iglesia.

1874. Se reparan las cubiertas de la iglesia y el claustro principal.

1881. Reemplazo de el altar barroco por el actual. Se coloca marmol en la gradería del presbiterio y se construye una linterna para iluminarlo. Reparación del artesonado, al que se agregan molduras de yeso y decoración pintada. Se estuca y decora el exterior y el interior de la iglesia

1895. Se construye una capilla en la esquina nor- oriente de la iglesia, completándose la planta rectangular actual.

Siglo XX

1905. Se entabla el piso de la iglesia.

1913. Inicio de la demolición y venta de los claustros interiores del convento, donde surgen las calles París y Londres.

1929. Nueva portería y fachada del convento hacia calle Londres.

1960. Inicia su labor el Comité Pro-Restauración de San Francisco.

1969. Se inaugura el Museo Colonial de San Francisco.

1972. Restauración de la fachada y torre de la iglesia.

1974. Reacondicionamiento del órgano.

1975. Restauración de la fachada principal de la iglesia.

1981. Se inaugura la sala de la serie de la Vida de San Francisco, con las pinturas restauradas por el Taller Ramón Campos Larenas.

1982. Inauguración de las salas de la serie de la vida de San Diego de Alcalá.

1983. Apertura de la Sala Gabriela Mistral.

1984-1985. Readecuación del Museo. Inauguración de la Sala de Exposiciones Temporales.

1985, 3 de marzo. Terremoto daña las naves laterales de la iglesia, el reloj, el dintel de entrada del coro del convento.

1986. Se inicia la restauración. Se termina la base y el montaje del altar de la capilla de Ossa.

1988. Se inicia la restauración del cuadro "Árbol Genealógico de la Orden Franciscana".

1989, 4 octubre. Se inicia la restauración de las pinturas murales del convento.

1990. Se pinta el exterior y el interior de la iglesia.

1992- 1993. Se iluminan la nave central de la iglesia, las salas y corredores del museo. En la Sala Cerrajería se retira el cielo falso para dejar a la vista el envigado original.

1995. Se pintan exteriores de la iglesia y del convento. Se inicia la segunda etapa de restauración del altar de la Capilla de Ossa.