La construcción del convento franciscano se ha hecho a través del tiempo, luchando con terremotos e incendios. En 1628 se termina el claustro vecino a la iglesia, de dos pisos, el que es muy dañado por el terremoto de 1647. A mediados del siglo XVIII, el convento cuenta con cuatro claustros y un refectorio. A comienzos del siglo XX, el convento se reduce a un claustro y las construcciones contiguas, las que aún permanecen. En parte del convento y compartiendo algunos espacios con la congregación, se ha habilitado el Museo de Arte de San Francisco, con valiosas piezas que forman el mejor conjunto de arte colonial del país. Ellas han pertenecido a los franciscanos por siglos y son testimonio de la espiritualidad de los siglos XVII y XVIll. Están a disposición del público desde 1969, gracias a la Congregación Franciscana y al Comité Pro- Restauración de San Francisco, fundador y mantenedor de este Museo.

Patio central. Como un oasis de paz y quietud en medio del bullicio ciudadano, el claustro guarda el mensaje del santo entre sus centenarios árboles (un peumo, un boldo, una araucaria, un palto), sus pájaros y su fuente con peces.